Terwujudnya sekolah sehat, bersih, dan berbudaya hidup sehat untuk menciptakan generasi cerdas dan berkarakter.
1. Menyelenggarakan pendidikan kesehatan yang menyeluruh.
2. Memberikan pelayanan kesehatan dasar bagi seluruh warga sekolah.
3. Membina lingkungan sekolah yang sehat dan bersih.
4. Mengembangkan kemitraan dengan instansi kesehatan terkait.
5. Menumbuhkan kesadaran hidup sehat sejak dini.
UKS MTsN 3 Surabaya didirikan sebagai bagian dari komitmen sekolah untuk mewujudkan generasi sehat. Berdiri sejak tahun 2020, UKS terus berkembang dengan program-program kesehatan yang inovatif.